Da Cartoons a Nostra signora degli autogrill (1989 - 1999)
Nel 1989, con il suo nome, pubblica il suo album d'esordio Cartoons, premiato come rivelazione a Saint Vincent e vince la "Targa Tenco" come miglior opera prima; nello stesso anno vince Un disco per l'estate con Figlio unico, canzone tratta da questo disco.
Nel secondo album, Il pianoforte non è il mio forte c'è il singolo Le donne di Modena e la presenza in Genova blues di Fabrizio De André (amico e del quale era sempre stato ammiratore), segna l’inizio di una serie di collaborazioni con altri artisti. Infatti, nel 1990, vince il Festivalbar con Sotto questo sole, in coppia con Paolo Belli e i “Ladri di Biciclette”. È con Nomi e cognomi del 1992 che ottiene il maggiore successo commerciale, affermandosi come erede della tradizione dei cantautori liguri.
Nel 1993, in occasione dell’uscita di Nudo - che contiene Ho voglia di innamorarmi, una delle sue canzoni più famose - con un libro omonimo pubblicato da Bompiani.
Nel 1996 esce Baccini a colori, e partecipa al Festival di Sanremo 1997 con il brano Senza tù, pubblicando il primo disco antologico Baccini and Best Friends, che propone numerosi duetti oltre a quelli già incisi nei precedenti lavori. Due anni dopo è la volta di Nostra signora degli autogrill.
Da Forza Francesco! a Baccini canta Tenco (2001 - 2013)
Nel 2001 esce Forza Francesco! e nel 2004 esordisce in teatro come attore protagonista nel musical Orco Loco, da lui stesso scritto a quattro mani con il romanziere Andrea G. Pinketts.
Nel 2005, dopo l'esperienza del reality televisivo Music Farm, esce Stasera teatro in cui spicca il singolo In fuga scritto in memoria del campione del ciclismo Marco Pantani. L’album contiene Lettera da lontano, composta da Enzo e Paolo Jannacci, tratta dall’ultima esibizione al Premio Tenco 2005 in cui Baccini duetta con Davide Van de Sfroos. La stessa canzone ottiene il premio di migliore canzone dell'anno.
Nel 2006 al Festival di Sanremo Baccini affianca Povia nel duetto del venerdì con la canzone Vorrei avere il becco, che poi vincerà quell'edizione.
Dopo un tour estivo di successo, si concentra sul nuovo lavoro discografico intitolato Dalla parte di Caino, uscito nel maggio del 2007. Il disco ottiene la menzione speciale per il valor musical-letterario al Premio Lunezia 2007. Il singolo che anticipa l'album, Il topo mangia il gatto è scritto a quattro mani con Gianluca Grignani.
Il 2008 vede Baccini nella veste di attore cinematografico. Viene infatti presentato in anteprima al Giffoni film festival, fuori concorso nella sezione "Sguardi inquieti", il film Zoè, di cui Baccini è protagonista per la regia di Giuseppe Varlotta. Zoè partecipa a festival in Italia e all'estero: il Giffoni film festival, il Salento film festival, il Festival Cinema d'Essai, il Miff (dove vince per il migliore montaggio), il Festival di Bangalore e Nuova Delhi in India (unico film italiano), il Festival di Cracovia, e il Terra di Siena Film Festival.
Nel marzo 2008 da una nuova collaborazione con Povia nasce il progetto Uniti: singolo e videoclip contenuti in un mini cd. Il video, per la regia di Giuseppe Varlotta, rilegge la saga di Peppone e Don Camillo di Giovannino Guareschi, sottolineando con ironia lo spirito di collaborazione tra Chiesa e laici.
Nel maggio 2008 esce “Uniti duemilacinqueduemilaotto”, un album inedito realizzato in coppia con Povia. Nel 2009 gira da protagonista il corto "nerofuori" per la regia di Davide Bini e vien premiato per la sua interpretazione all' "i've seen ..." film festival.
In aprile del 2010 viene pubblicato Ci devi fare un gol - le mie canzoni più belle, un cd antologico in cui il cantautore genovese reinterpreta i suoi principali successi e un libro-intervista Francesco Baccini. Ti presto un po' di questa vita, edito da Zona.
Il 20 gennaio 2011 inizia il tour teatrale "Baccini canta Tenco", interamente dedicato alla riscoperta del cantautore, particolarmente amato da Baccini, dove vengono riletti e reinterpretati brani più noti o meno noti. Un lavoro importante, perché da una parte dà il giusto risalto alle capacità musicali di Tenco, dall'altro perché finalmente restituisce al grande pubblico un'immagine molto più solare dell'artista di Ricaldone rispetto a quella stereotipata di autore introverso. Lo spettacolo vede ai testi ancora una volta Marzio Angiolani, agli arrangiamenti Armando Corsi e alla regia Pepi Morgia. Otterrà ottimi riscontri di pubblico e soprattutto di critica (numerosi i premi vinti, come il Premio Mei quale migliore spettacolo dell'anno). Nello stesso anno prende parte allo Spiaggia 101 tour.
Il 29 novembre 2011 esce il nuovo album Baccini canta Tenco, tratto dall'omonimo tour teatrale. Nel 2012 con il cd "Baccini canta Tenco" vince il premio Lunezia e riceve la seconda Targa Tenco della sua carriera.
Dal tour in Cina al nuovo singolo Sole matto (2013 - 2015)
Dal 23 al 30 ottobre 2013 primo tour di concerti in Cina Pechino,Shanghai, Guangzou, Shenzen e hong Kong con grande successo di critica e pubblico. Collabora con la più grande rockstar cinese Cui Jian, al quale consegna il Premio Tenco 2013.
Attualmente, il suo nuovo progetto legato al singolo “Solematto” in uscita il 6 giugno 2014, è prodotto da Lasteri Music Group.
Il progetto con Sergio Caputo (2016)
Nel marzo 2016, Baccini e Sergio Caputo annunciano l'uscita di un singolo in aprile (Non fidarti di me). Si tratta di un sodalizio umano e artistico che li porta, sotto la sigla di “The Swing Brothers”, a iniziare un tour insieme in cui propongono i loro successi classici - ma anche alcuni dei loro successi più contemporanei - sommando così due audience diverse che hanno però molto in comune: la passione per la musica vera, per il filone jazz-swing associato a testi ironici e brillanti. Lo spettacolo preparato dai due cantautori e composto, dai migliori classici del repertorio dei due artisti: da “Un sabato italiano” a “Il Garibaldi innamorato” di Caputo fino a “Le donne di Modena” o “Sotto questo sole” di Baccini e “Non fidarti di me” il primo singolo inedito composto a quattro mani dai due cantautori.